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El EDTA es un quelante de los iones calcio, magnesio y zinc y, por tanto, puede inhibir las metaloproteasas. Forma un complejo con el ión zinc del centro activo de las metaloproteasas, pero además puede influir en otros procesos biológicos que dependen de los iones metálicos. La concentración efectiva es de aproximadamente 1 mM. Las soluciones madre se preparan en agua (EDTA 0,5 M, pH 8,0 u 8,5). El EDTA no se disuelve si no se forma la sal trisódica. Por lo tanto, para disolverlo la relación molar EDTA : NaOH tiene que ser de 3 : 1.
