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Para una extracción eficiente del ADN, es importante el uso de Fenol equilibrado y estabilizado con un pH alto (pH aprox. 7,5 - 8,0).A valores de pH bajos (pH <6) el ADN quedará retenido en la fase orgánica y en la interfase, dejando el ARN en la fase acuosa. La concentración de sal no debe ser inferior a 50 mM, porque los oligómeros, en particular, pueden perderse en la fase fenólica. Si la concentración de sal es demasiado alta, puede producirse una inversión de la fase orgánica y acuosa. La adición del antioxidante 8-hidroxiquinoleína facilita la identificación de la fase orgánica por su color amarillo brillante y tiene las ventajas adicionales de reducir la tasa de oxidación del fenol y la inhibición parcial de las ribonucleasas. Para mejorar la disociación de las proteínas de los ácidos nucleicos, que es el objetivo fundamental de una extracción con fenol, se ha demostrado que el uso de cloroformo junto con el fenol aumenta el rendimiento de los ácidos nucleicos. El cloroformo desnaturaliza las proteínas (como el fenol) y mejora la separación de las fases orgánica y acuosa. Otras ventajas son la eliminación de lípidos por el cloroformo y la reducción de la cantidad de agua retenida en la fase orgánica. El fenol tiene una vida útil muy limitada y su estabilidad se ve reducida adicionalmente por un pH elevado. Su "calidad" puede controlarse mediante un cambio de color de incoloro a rosa/rojo. Estas soluciones de color rosa/rojo no deben utilizarse, ya que los productos oxidados del fenol pueden provocar la rotura de la cadena de los ácidos nucleicos. Recomendamos el uso de soluciones de fenol estabilizadas (8-Hidroxicinolina como antioxidante). El fenol de PanReac AppliChem se envasa bajo argón. Puede almacenarse congelado en la oscuridad a -20˚C en tubos de PE.
